SPED: Mudança de Contador no Período.

Não é possível transmitir duas ou mais ECF no caso de mudança de contador no período. 

A ECF deve ser transmitida em arquivo único, a menos que ocorra alguma da situações especiais previstas no Registro 0000.

Caso a entidade tenha que recuperar os dados da ECD, devem ser recuperados os dois arquivos da ECD transmitidos (um para cada contador). 

Contudo, para que a ECF recupere os dados corretamente é necessário que os saldos finais das contas que aparecem no primeiro arquivo (primeiro contador) sejam iguais aos saldos inciais dessas mesmas contas que aparecem no segundo arquivo (segundo contador). Se isso não ocorrer, a ECF recuperará somente os dados do segundo arquivo e os ajustes necessário s deverão ser realizados na própria ECF ou na ECD, por meio de substituição.

Fonte: Manual da ECF-Escrituração Contábil Fiscal - Agosto de 2015

http://www1.receita.fazenda.gov.br/sistemas/ecf/documentos/Manual_de_Orientacao_da_ECF_31_08_2015.pdf